Der Nationalpark Lahemaa an der Nordküste Estlands bietet einen guten Überblick über die Naturlandschaften und das Landschaftserbe, die für Estland charakteristisch sind. Hier finden Sie Stein- und Sandstrände, die sich entlang der Halbinseln schlängeln, malerische Hochmoore, ganz besondere Pflanzengesellschaften an der Kalksteinküste – Alvare, Stromschnellen sowie geologische, historische und architektonische Denkmäler. Lahemaa ist eines der wichtigsten Waldschutzgebiete in Europa, in diesen einzigartigen Wäldern leben viele große Säugetiere. Beachtenswert sind auch die vier großen Gutsanlagen von Lahemaa.

Der Nationalpark Matsaluin Westestland ist ein wichtiger Zwischenstopp und Ernährungsort für Zugvögel, die zwischen der Arktis und Westeuropa wandern. Hier finden Sie eine außergewöhnlich große Vielfalt an Vogelarten, die sowohl im seichten Küstengewässer als auch auf den Küstenwiesen und -weiden rasten und nisten. Matsalu ist ein wahres Paradies für Vogelbeobachter.

Der Nationalpark Soomaa in Mittelestland ist reich an Sümpfen und Mooren, wo sich langsame Flüsse dahinschlängeln. Dies ist ein großartiger Ort für Moorwanderungen und Kanutouren. Die interessanteste Zeit des Jahres in Soomaa ist die Hochwasseranstiegszeit bzw. die fünfte Jahrszeit, wenn alle niedriger gelegenen Wälder, Straßen und sogar Höfe überschwemmt sind. In dieser Periode gibt es in Soomaa ein großes Gebiet, wo man sich nur mit dem Boot fortbewegen kann.

Der Nationalpark Vilsandi an der Westküste von Saaremaa erwartet diejenigen, die das Meer, Robben, Sanddünen, Vögel und Orchideen lieben. Im Nationalpark gibt es die größten Liegeplätze von Kegelrobben  und viele Seevögel. Kalksteinaufschlüsse mit vielen Fossilien warten ebenso auf Entdeckung.

Die hügelige Landschaft des  Nationalpark Karula in Südestland ist durch das ungleichmäßige Schmelzen des Inlandeises entstanden. Zwischen den mit Wäldern, Feldern und Wiesen bedeckten Hügeln liegen ungefähr 40 Seen. Die Kulturlandschaften verleihen Karula einen erheblichen Wert. Dies ist einer der kleinsten Nationalparks in Estland und die lokalen Einwohner zeichnen sich dadurch aus, dass sie eine starke Bindung zum Land und der Natur haben.

Unter den geschützten Gebieten Estlands sind einige der bekanntesten das Landschaftsschutzgebiet Kõrvemaa, wo sich große Wälder mit Sümpfen abwechseln; das Naturschutzgebiet Endla mit seinen vielen Sümpfen und Quellen; und der größte Deltasumpf Estlands — der Emajõe-Suursoo (der Große Sumpf des Flusses Emajõgi) — am Peipussee.

In Estland können Sie von Sonnenaufgang bis zum Sonnenuntergang frei auf Privatland herumlaufen, wenn Sie die Naturschutzgebiete bewundern möchten. Dies erlauben die Jedermannsrechte, die das Naturschutzgesetz so vorsieht.