Die wichtigsten geschützten Gebiete in Estland sind Nationalparks, Naturschutzgebiete und Landschaftsschutzgebiete.
Nationalparks (Rahvuspark): Nationalparks sind geschützte Gebiete mit besonderer nationaler Bedeutung für die Erhaltung, den Schutz, die Erforschung und die Sensibilisierung für das Natur- und Kulturerbe. Karula ist der kleinste Nationalpark mit 12.300 Hektar, der größte ist Lahemaa mit 72.504 Hektar.
Naturschutzgebiete (Looduskaitseala): Ein Naturschutzgebiet ist ein Gebiet, das wegen seines Natur- oder wissenschaftlichen Wertes geschützt wird und zur Erhaltung, zum Schutz und zur Erforschung von natürlichen Prozessen und gefährdeten oder geschützten Pflanzen-, Tier- und Pilzarten und ihrer Lebensräume, lebloser Objekte sowie der Landschaften und Naturdenkmäler bestimmt ist. Das kleinste ist das Anne Naturschutzgebiet im Landkreis Tartu mit 16 Hektar und das größte ist das Naturschutzgebiet Alam-Pedja in den Landkreisen Jõgeva, Viljandi und Tartu mit 34.219 Hektar.
Landschaftsschutzgebiete (Maastikukaitseala): Ein Landschaftsschutzgebiet ist ein Gebiet mit Bedeutung für das Natur- oder Kulturerbe, das für Estland selten oder typisch ist und das für die Naturerhaltung, kulturelle Zwecke oder für die Freizeitbeschäftigung ausgewiesen worden ist.
Die Schutzordnung in Estland basiert auf den Schutzregeln und dem Naturschutzgesetz. Zum 1. Juli 2007 gibt es in Estland fünf Nationalparks, 129 Naturschutzgebiete, 149 Landschaftsschutzgebiete und 124 geschützte Gebiete mit unrevidierten Schutzvorschriften (neben 543 geschützten Parks und Waldbeständen.) Das kleinste unter Schutz stehende Gebiet ist ein Park in Tallinn – „Roheline turg” („Der grüne Markt”) mit 0,05 Hektar und das größte ist der Nationalpark Lahemaa. Die durchschnittliche Fläche eines geschützten Gebiets in Estland beträgt 759 Hektar.
