Im 18. Jahrhundert wurde sie ein Russischer Marinestützpunkt und von den Russen in Балтийский Порт („Baltiyskiy Port“, „Baltischer Hafen”) umbenannt. Die estnische Aussprache Paldiski wurde 1933 als offizieller Name der Stadt eingeführt.

Im Jahr 1962 wurde Paldiski zum Übungszentrum für atomare U-Boote der Sowjetischen Marine . Die zwei auf dem Festland befindlichen Kernreaktoren und die 16.000 Beschäftigten machten es zur größten derartigen Einrichtung in der Sowjetunion. Wegen ihrer Bedeutsamkeit wurde die ganze Stadt mit Stacheldraht abgesperrt, bis sie das letzte russische Kriegsschiff im August 1994 verließ.

Die Halbinsel Pakri ist auch für ihre eindrucksvollen Kalksteinklippen und für die in der Nähe gelegenen familienfreundlichen Strände berühmt. Auf der Halbinsel steht der höchste Leuchtturm von Estland und sie bietet auch seltenen Gryllteisten, die wie kleine Pinguine aussehen, ein Zuhause. Paldiski ist für die an der Natur und der Vogelbeobachtung interessierten Menschen attraktiv. Paldiski liegt nicht ganz 50 km von Tallinn entfernt und ist unkompliziert erreichbar.

Die Anziehungspunkte in der Nähe umfassen Noarootsi und Nõva.