Der Längste Fluss in Estland ist der Võhandu (162km) in Südestland, es folgen die Flüsse Pärnu, Põltsamaa und Pedja.
Die Flüsse in Nordestland, die in den Finnischen Meerbusen fließen, bilden malerische Wasserfälle, wenn sie über den Rand der nordestnischen Steilküste quellen. Die Flüsse in Südestland, wie Võhandu, Ahja und Piusa, haben für sich selbst malerische Täler mit hohen Aufschlüssen des roten Sandsteins geschnitten. Mittelestland ist für seine zahlreichen Frühjahrsflüsse mit klarem Wasser bekannt.
Die beliebtesten Flüsse für Kanufahrten fließen in Soomaa und in Südestland.
In den estnischen Flüssen kommen die folgenden Fische am häufigsten vor: Hecht, Bachforelle, Äsche, Aland, Barsch, Döbel und Zander.
Das System der natürlichen Flüsse in Estland kann als einer der wichtigsten Werte der estnischen Natur betrachtet werden – nur einige wenige natürliche Fliessgewässer in Estland sind begradigt worden.
