Los alemanes bálticos fueron los encargados de construir la mayoría de las iglesias del país. Hasta el siglo XIX la iglesia era la única fuente de educación en las zonas rurales, por lo que casi todos los pueblos tienen en su centro una iglesia de impresionante arquitectura.

En las décadas anteriores a ser derrocados en 1917, los rusos zaristas hicieron grandes esfuerzos para popularizar la iglesia ortodoxa rusa. El edificio de la impresionante Catedral Nevsky, literalmente sobre Tallin, demuestra cómo se esperaba dominar Estonia.

En la década de 1920 se planeó demoler la Catedral Nevsky (algo similar había ocurrido en Polonia), pero afortunadamente nunca se llevó a cabo.

La comunidad ortodoxa de Estonia se divide hoy entre las iglesias ortodoxas de Moscú y Estonia (vinculada con el patriarcado griego).

Las comunidades de viejos creyentes junto al lago Peipsi, datan de la división de la iglesia ortodoxa rusa en el siglo XVII. Estos viejos creyentes fueron desterrados y desde entonces habitan en esta zona de Estonia. Visite su iglesia de Raja, la cual se encuentra iluminada tan sólo con velas de cera de abejas, debido a que no creen en el uso de la electricidad.

Una nueva sinagoga fue inaugurada en Tallin en 2007. La anterior sinagoga, construida antes de la segunda guerra mundial, estuba situada en lo que hoy es el almacén Kaubamaja. Esta sinagoga fue demolida a finales de la década de 1940. Antes de la guerra, también hubo comunidades judías en Tartu y Valga.

Los soviéticos hicieron todo lo posible por desalentar la actividad religiosa durante la ocupación de Estonia con lo que fue casi una prohibición total. Los que eran abiertamente creyentes no eran elegibles para puestos de trabajo más cualificados.

Los domingos hay servicios religiosos en inglés en la Iglesia del Espíritu Santo de Tallin.

Para visitar las iglesias de Estonia asegúrese de tener a mano el folleto "Iglesias para caminantes" que ofrece una breve descripción de 200 iglesias de Estonia con su horario de apertura.

Los principales grupos religiosos tienen página web propia, con información sobre servicios y actividades.

El mejor lugar para visitar antiguas iglesias de madera es la isla de Saaremaa.