El parque Nacional de Lahemaa, al norte de Estonia, nos ofrece una vista general de los paisajes naturales del país. Aquí encontraremos playas pedregosas o de arena, las cuales bordean las penínsulas y las pintorescas ciénagas; además de la singular vegetación de los klint (alvares), los rápidos ríos y los monumentos geológicos, históricos y arquitectónicos. Lahemaa es una de las áreas forestales protegidas más importantes de Europa y muchos mamíferos de gran tamaño viven en sus bosques. Los cuatro grandes parques agrícolas de Lahemaa son también de una importancia notable.

El Parque Nacional de Matsalu, al oeste de Estonia, es una parada y sitio muy importante para la alimentación de las aves migratorias en su viaje entre el Ártico y la Europa occidental. Una gran variedad de aves se detiene y anida en las aguas poco profundas de esta zona y en los pastos y praderas del litoral. Matsalu es un verdadero paraíso para los observadores de aves.

El Parque Nacional de Soomaa, en el centro de Estonia, tiene muchos humedales y turberas por los que varios ríos serpentean lentamente. Es un lugar muy bueno para caminatas por las ciénagas y paseos en canoa. El momento más excitante del año en Soomaa es el periodo de inundaciones, la quinta estación, cuando todos los bosques bajos, los caminos y hasta los patios se inundan. Durante esta temporada, en una amplia zona de Soomaa, la gente puede desplazarse sólo en canoa.

El Parque Nacional de Vilsandi, en la costa oeste de Saaremaa, espera a quienes aman el mar, las focas, las arenas movedizas, las aves y las orquídeas. Aquí está la colonia de focas grises más grande de Estonia y es un paraíso para las aves marinas. Se alzan también terrazas de piedra caliza con muchos fósiles que esperan a ser descubiertos.

Las lomas del Parque Nacional de Karula, al sur de Estonia, se formaron por el derretimiento irregular de los hielos continentales. Estas lomas están cubiertas de bosques, campos y prados y albergan cerca de 40 lagos. Los paisajes culturales dan un valor sustancial a Karula. Es uno de los parques nacionales más pequeños de Estonia y sus habitantes destacan por su fuerte relación con la tierra y la naturaleza.

Algunas de las zonas protegidas de Estonia más conocidas son el área de conservación de paisajes de Kõrvemaa, donde se alternan grandes bosques y pantanos; la Reserva Natural de Endla, con sus abundantes pantanos y manantiales; y el delta del humedal más grande de Estonia, el Emajõe-Suursoo (la Gran Ciénaga de Emajõgi), junto al lago Peipus.

En Estonia, se pueden visitar libremente los terrenos privados desde el amanecer hasta el ocaso, si lo que desea es admirar las zonas naturales protegidas. Esto es posible gracias al «derecho de todos», derecho establecido en la Ley de Conservación de la Naturaleza.