Museo sijaitsee vanhassa apteekkirakennuksessa, jonka kahdessa kerroksessa sijaitseva pysyväisnäyttely kuvaa Viljandimaan historiaa 1900-luvun puoliväliin asti. Luontoa esittelevissä vitriineissä on monia eläin- ja lintulajeja. Esihistoriallisesta ajasta esitellään runsaasti arkeologisia löytöjä. Keskiaikaa kuvaa Viljandin ritarilinnan pienoismalli ja siltä ajalta säilyneet esineet. Kansankulttuuria esittelee riihituvan pienoismalli ja kansallispukujen ja korujen näyttely. Lisäksi luodaan katsaus paikallisiin elinoloihin ja tapahtumiin 1800–1900-luvulla. Katsoa voi elokuvaa. Väliaikaisten näyttelyiden huoneessa vaihtuvat eri-ilmeiset näyttelyt.