Virossa on yli 7,000 jokea ja virtaa suurista, leveistä ja hitaasti virtaavista joista pieniin ja kirkkaisiin, nopeasti virtaaviin puroihin.
Viron pisin joki on Võhandu (162km) Etrelä-Virossa, siitä seuraavat ovat Pärnun, Põltsamaan and Pedjan joet.
Pohjois-Viron Suomenlahteen laskevat joet muodostavat luonnonkauniita putouksia valuessaan Pohjois-Viron rannikon kaliojyrkänteiltä. Etelä-Viron joet, esim. Võhandu, Ahja ja Piusa, ovat muokanneet maastoa kuvauksellisiksi laaksoiksi virratessaan punaisen hiekkakiven paljastumien läpi. Keski-Viro on kuuluisa lukuisista kirkasvetisistä lähdejoistaan.
Suosituimmat melontajoet sijaitsevat Soomaalla ja Etelä-Virossa.
Tavallisimpia kalalajeja Viron joissa ovat: hauki, taimen, harjus, säyne, ahven, turpa ja kuha.
Viron luonnollista jokivesistöä voidaan pitää yhdeksi tärkeimmistä luonnonarvoista Virossa – vain yksittäisten vesistöjen kulkusuuntaa on oikaistu.
