Suurimma metsät sijaitsevat Koillis- ja Keski-Virossa. Ne ulotttuvat pohjoisrannikolta Latvian rajalle saakka. Noin 10 prosenttia Virosta on luonnnonsuojelualuetta.

Viro sijatsee raja-alueella, jossa havuvaltainen Euro-Siperian taiga muuttuu eurooppalaiseksi lehtimetsävyöhykkeeksi. Virossa on kirjattu 87 alkuperäistä ja noin 500 muualta tuotua puu- ja pensaslajia.

Noin 75% kaikista kasvilajeista esiintyy länsirannikolla, koska ilmasto siellä on leudoin. Monin paikoin Virossa, esimerkiksi Hiidenmaan saarella ja Koillis-Virossa on säilynyt jäänteitä aarnimetsistä, jotka aikoinaan peittivät koko Euroopan.

Mänty, koivu, kuusi ja haapa ovat tavallisimmat puut.

Viron rikkaissa metsissä asuu paljon eläimiä – jäniksen, ketun tai hirven näkeminen on tavallista ja pienellä onnella voit havaita suden, ilveksen, karhun tai saksanhirven. Metsät ovat myös monien uhanalaisten eläinlajien koti, esimerkiksi euroopanminkki, pähkinähiiri ja liito-orava. Euroopanmajava, joka aikanaan metästettiin sukupuuttoon Virossa, istutettiin menestyksellisesti uudelleen 1950-luvulla.

Metsä on aina ollut tärkeä virolaisille – Viron alkuperäisuskonnossa sitä pidettiin pyhänä paikkana, jossa palvottiin puujumalia. Metsä oli oleellinen ravinnon ja rakennusmateriaalin antaja.