Lahemaan kansallispuisto, joka sijaitsee Viron pohjoisrannikolla, luo hyvän katsauksen Virolle ominaisiin luonnonmaisemiin ja perinteisiin kulttuurimaisemiin. Alueella on kivistä ja hiekkaista rannikkoa, joka mutkittelee niemiä pitkin, maalauksellisia soita, erityisiä klintillä kasvavia kasviyhdyskuntia, eli alvareita, koskia sekä geologisia, historiallisia ja rakennusmuistomerkkejä. Lahemaa on Euroopan tärkeimpiä metsänsuojelualueita, jonka ainutlaatuisissa metsissä elää runsaasti suurnisäkkäitä. Merkittäviä nähtävyyksiä ovat myös Lahemaan neljä suurta kartanoa.

Länsi-Virossa sijaitseva Matsalun kansallispuisto on tärkeä muuttolintujen levähdys- ja ruokailupaikka arktisen alueen ja Länsi-Euroopan välisellä matkalla. Sekä alueen matalilla rannikkovesillä että rantaniityillä ja ‑laitumilla pysähtyy ja pesii poikkeuksellisen suuri määrä eri lintulajeja. Matsalu on aito lintuharrastajien paratiisi.

Keski-Virossa sijaitsevassa Soomaan kansallispuistossa on runsaasti soita ja rämeitä, joissa virtaa hidasjuoksuisia jokia. Se on oivallinen paikka suokenkä- ja kanoottiretkiä varten. Mielenkiintoisin vuodenaika Soomaalla on tulvakausi eli niin sanottu viides vuodenaika, jolloin kaikki alavat metsät, tiet ja jopa pihat ovat tulvan vallassa. Kyseisenä vuodenaikana Soomaalle muodostuu laaja alue, jolla voi kulkea vain veneellä.

Saarenmaan länsirannikolla sijaitsevaan Vilsandin kansallispuistoon ovat tervetulleita kaikki, jotka pitävät merestä, hylkeistä, lentohiekasta, linnuista ja kämmeköistä. Alueella on Viron suurimmat hallin eli harmaahylkeen lepopaikat ja monien merilintujen pesimäalueita. Löytöretkeilijöitä kutsuvat myös kalkkikivitörmät, joissa piilee useita kivettymiä.

Etelävirolaisen Karulan kansallispuiston kukkulat ovat muodostuneet mannerjään epätasaisen sulamisen tuloksena. Kukkulat ovat metsien, peltojen ja niittyjen peitossa, ja kukkuloiden välisissä laaksoissa välkkyy liki 40 järveä. Karulan arvoa lisäävät huomattavasti kulttuurimaisemat. Karulan kansallispuisto on Viron pienin kansallispuisto, ja sen asukkailla on vahva yhteys maahan ja luontoon.

Viron muista luonnonsuojelualueista tunnetuimpia ovat Kõrvemaan maisemansuojelualue, jossa vaihtelevat laajat metsät ja suot, Endlan luonnonsuojelualue, jossa on runsaasti soita ja lähteitä, ja Emajõe Suursoo, maan suurin soinen suisto Emajoen suussa Peipsijärven rannikolla.

Jos haluat ihailla suojelukohteita, muista, että Virossa jokainen saa patikoida yksityisomistuksessa olevalla maalla ilman maanomistajan lupaa auringonnoususta auringonlaskuun. Tätä oikeutta kutsutaan jokamiehenoikeudeksi, ja se on säädetty luonnonsuojelulaissa.