Tärkeimmät rauhoitetut alueet Virossa ovat kansallispuistot, luonnonsuojelualueet ja maisemansuojelualueet.
Kansallispuistot (Rahvuspark): Kansallispuistot ovat rauhoitettuja alueita, joilla on erityinen kansallinen merkitys luonnon ja kulttuuriperinnön säilyttämisessä, suojelussa, tutkimuksessa ja tietoisuuden edistämisessä. Pienin kansallispuisto on Karula – 12,300 hetaaria ja suurin Lahemaa – 72,504 hehtaaria.
Luonnonsuojelualueet (Looduskaitseala): Luonnosuojelualue on alue, joka on rauhoitettu luonnon- tai tieteellisen arvonsa johdosta säilytettäväksi ja suojeltavaksi sekä luonnoprosessien ja uhanalaisten tai rauhoitettujen kasvi-, eläin- ja sienilajien ja niiden kasvualojen sekä maisemien ja luonnonmonumenttien tutkimusta varten. Pienin on Annen luonnonsuojelualue Tarton maakunnassa, 16 hehtaaria, ja suurin Alam-Pedjan luonnonsuojelualue Jõgevan, Viljandin ja Tarton maakunnissa – 34,219 hehtaaria.
Maisemansuojelualueet (Maastikukaitseala): Maisemansuojelualue on luonnon- tai kulttuurihistoriallisesti arvokas alue, joka on harvinaislaatuinen tai Virolle ominainen ja on rauhoitettu kulttuuri- ja virkistyskäyttöön.
Rauhoitettujen alojen hallinta perustuu rauhoitusmääräyksiin ja luonnonsuojelulakiin. 1.7.2007 Virossa oli viisi kansallispuistoa, 129 luonnonsuojelualuetta, 149 maisemansuojelualuetta ja 124 rauhoitusmääräyksen nojalla suojeltua aluetta (ja lisäksi 524 suojeltua puistoa ja metsälämpärettä). Pienin rauhoitettu alue on tallinnalainen puisto “Roheline turg” (“Vihreä tori”), 0.05 hehtaaria, ja suurin Lahemaan kanssallispuisto. Rauhoitetun alueen keskimääräinen pinta-ala Virossa on 759 hehtaaria.
