Nel XVIII secolo la Russia fece di Paldiski una grande base navale, che fu ribattezzata Балтийский Порт ("Porto Baltiyskiy" o “Porto Baltico”). Il nome attuale deriva dalla pronuncia estone e fu ufficializzato nel 1933.

Trent'anni più tardi la città divenne un centro di addestramento sovietico per sottomarini nucleari... con tutte le conseguenze che ne conseguirono. Due reattori nucleari divennero parte del paesaggio di Paldiski, e un esercito di 16.000 uomini e donne fu impiegato per lavorare in quello che, a quei tempi, era la più grande struttura del genere di tutta l'Unione Sovietica. 

Va da sé che, some sempre accadeva in questi casi, l'intera città fu circondata da barriere di filo spinato e chiusa ermeticamente fino alla partenza dell'ultima nave da guerra russa, nell'agosto 1994.

La penisola di Pakri è nota per fortuna anche per altre ragioni, prima tra tutte le spettacolari scogliere di pietra calcarea e le vicine spiagge. Qui si trova anche il più alto faro d'Estonia, mentre per gli amanti della natura, e soprattutto per i birdwatcher,  c'è una piccola sorpresa: la rara uria nera, uccello marino le cui sembianze ricordano quelle dei pinguini. 

Paldiski dista meno di cinquanta chilometri da Tallinn ed è facilmente raggiungibile anche in treno.