Muzeja ekspozīciju veido vairāk nekā 200 eksponātu. Jaunā muzeja galvenais eksponāts ir Lielbritānijā būvētā zemūdene Lembit, kas sver 600 tonnu. Tā tika izmantota 75 gadus, kļūstot par vecāko zemūdeni pasaulē, kas ir lietošanas kārtībā.

Ārpus muzeja telpām apmeklētājiem ir iespēja apskatīt vēsturiskus kuģus, tostarp Suur Tõll – Eiropā lielāko ar tvaiku darbināmo ledlauzi