Igaunijā ir daudz dabas brīnumu, bet dažus no tiem apmeklē biežāk nekā citus, un tie ir:
- Kāli ir neliela meteorītu krāteru grupa Sāremā salā. Lielākais no tiem ir 110 metrus plats, un tajā izveidojies nelielais Kāli ezers.
- Jaagalas ūdenskritums ir 8 metrus augsts un gāžas pār nelielu kaļķakmens „klinti”. Gadsimtu laikā ūdens noslīpējis kaļķakmeni un izveidojis dziļu baseinu un 300 m garu ieleju.
- Netālu no Kohtla-Jarves un Jahvi ziemeļu piekrastē atrodas Valastes ūdenskritums , kas ir 30,5 metrus augsts un augstākais Igaunijā. Tas ir visskaistākais ziemas laikā, kad ūdens sasalst un veido pasakainas ledus skulptūras.
Tuhala raganu aka Igaunijas ziemeļos ir īsts neliels karsta avots, kas pavasara plūdu laikā pārplūst. Tas notiek, kad Tuhalas pazemes upē ūdens plūsma ir lielāka par upes varēšanu. Aka pati par sevi ir tikai 2,5 metrus dziļa, bet zem spiediena veido strūklaku pusmetru augstumā.