Vairāk kā 10% Igaunijas zemes teritorijas ir apzīmēta kā aizsargāta un ietver dabas rezervātus, ainavu rezervātus un piecus nacionālos parkus.
Tie ir bezmaksas un viegli pieejami, saglabāti neskarti un piedāvā daudz apmešanās iespējas brīvdienu pavadīšanai.
Karula Nacionālais parks: Igaunijas mazākais nacionālais parks, ar plašām meža platībām un 38 ezeriem, mājvieta daudziem dzīvniekiem, piemēram,, aļņiem, lūšiem, meža cūkām un vairāk kā 150 putnu šķirnēm.
Lahemā Nacionālais parks: Igaunijas lielākais, kā arī Tallinai tuvākais parks, un tāpēc ir ideāli piemērots vienas dienas ceļojumam. Tā ir mājvieta lāčiem, vilkiem un lūšiem. Parks robežojas ar vientuļām pludmalēm un nelieliem zvejnieku ciematiem.
Matsalu Nacionālais parks: aptver Matsalu līci, Kasari upes deltu un 40 salas. Šī ir putnu novērotāju iecienīta vieta, jo Matsalu ir svarīga rudens pieturvieta gājputniem. Viegli pieejams no Tallinas un Hāpsalu.
Soomaa Nacionālais parks: «purvu zeme» ir Igaunijas otrais lielākais nacionālais parks un vieta, kur ieraudzīt brūno lāci, zelta ērgli un retas orhidejas. Reizēm pavasaros, kūstot sniegam, visa apkārtne applūst un tad te ir ideāla vieta brīvdienu laivu braucieniem.
Vilsandi Nacionālais parks: Vilsandi sastāv no 160 salām un ir ļoti populāra putnu vērošanas vieta, kā arī vieta, kur vērot pelēko roņu piedzimšanu. Tā ir lieliska pieturvieta pa ceļam uz Sāremā, Igaunijas lielāko salu.
