Muzeum Sztuki Kumu prezentuje estońską sztukę na przestrzeni wieków – od klasycyzmu po sztukę współczesną. Na trzech piętrach nowoczesnego gmachu muzeum podziwiać można bogate zbiory okresu modernizmu i socrealizmu, a także najlepsze dzieła młodych estońskich twórców. Oprócz malarstwa muzeum w swoich zbiorach posiada fotografie, instalacje i rzeźby – jedna z sal zastawiona jest dziesiątkami rzeźbionych głów. Estońskie Muzeum Sztuki prezentuje swoje zbiory również w Pałacu Kadriorg oraz jego dawnych budynkach gospodarczych. Najcenniejszy obraz estoński, „Taniec Śmierci” Bernta Notke można oglądać w oddziale muzeum znajdującym się w kościele św. Mikołaja.

Estońskie Muzeum Historyczne swoje zbiory prezentuje na wystawach urządzonych w dwóch budynkach – gmachu Wielkiej Gildii na tallińskim Starym Mieście oraz w Zamku Maarjamäe znajdującym się w dzielnicy Pirita. Muzeum udostępnia zbiory dokumentujące historię ziem estońskich. Wśród eksponatów odnaleźć można m.in. stare arabskie monety czy średniowieczną broń.

Muzeum Okupacji mieszczące się w niewielkim budynku w bliskim sąsiedztwie tallińskiego Starego Miasta prezentuje historię Estonii od lat 40. XX wieku. Na parterze można zobaczyć stare walizki symbolizujące deportacje ludności przeprowadzone przez sowietów w latach 40. W piwnicy prezentowane są pokaźnych rozmiarów rzeźby stworzone w czasie okupacji radzieckiej i mające gloryfikować wodzów Związku Radzieckiego.

Jednym z najciekawszych muzeów stolicy kraju jest Estońskie Muzeum Morskie. Jego zbiory prezentowane są w baszcie Gruba Małgorzata oraz w wyremontowanym hangarze hydroplanów. Eksponaty przybliżają historię związków Estonii z morzem oraz technologie używane zarówno przez marynarkę wojenną, jak i służby cywilne. Największym eksponatem muzeum jest przedwojenna łódź podwodna, której wnętrza również są dostępne dla zwiedzających.

Estońskie Muzeum Wsi, zwane również Rocca Al Mare, znajduje się na obrzeżach Tallina. Prezentuje ono architekturę i życie codzienne Estończyków na przestrzeni wieków. Rozlokowanie zabudowań w skansenie odzwierciedla ich położenie na terenie całej Estonii. Oryginalne budynki liczą sobie nawet po kilka wieków, a najnowsze pochodzą z XIX wieku. W starej tawernie (kõrts) można zatrzymać się na tradycyjny estoński obiad. Na wyspie Muhu można znaleźć podobną wieś, która jest zamieszkana od XVI wieku. Obecnie 30 jej mieszkańców żyje w krytych strzechami chatach. Inną instytucją prezentującą estońskie wierzenia, tradycje i sztukę jest Estońskie Muzeum Narodowe w Tartu, które obecnie czeka na dodatkowy nowoczesny budynek, by udostępnić wszystkie swoje zbiory.

Muzeum Zabawek w Tartu zachwyci nie tylko najmłodszych. Niezwykle bogaty zbiór przypomina dzieciństwo. Wśród eksponatów szczególną uwagę zwracają lalki ubrane w stroje ludowe z całego świata oraz kukiełki, które niedawno zeszły ze scen teatrów oraz planów estońskich filmów animowanych. 

Innym ciekawym miejscem w Tartu jest Centrum Nauki AHHAA w Tartu. Jego eksponaty zainteresują i zafascynują nauką całą rodzinę.