Niemcy przybywali na ziemie estońskie w XII i XIII w. wraz z wyprawami krzyżowymi. Po pokonaniu plemion estońskich, terytorium najpierw podzielono między Kawalerów Mieczowych i Duńczyków, a następnie między rycerzy. Stopniowo wprowadzono poddaństwo, które utrzymało się aż do XIX wieku. Estowie walczyli o swoją niezależność, m.in. w czasie powstania w nocy św. Jerzego (Jüriöö ülestõus) w 1343 roku,

Dominacji Niemców bałtyckich nie przeszkodziły kolejne wojny, zmiany granic i zmieniający się władcy. Zaprowadzone na początku XIII w. porządki utrzymały się przez siedem stuleci, aż do początku XX w. Niemcy byli grupą, która posiadała majątki oraz definiowała kulturowy i polityczny obraz ziem estońskich. To niemieckie rycerstwo i duchowni zaprowadzili tutaj chrześcijaństwo, a później reformację. Niemcy stanowili także główne źródło wykształconych kadr dla administracji carskiej. Dopiero powstanie niepodległego państwa estońskiego położyło kres uprzywilejowanej pozycji tej grupy. W czasie II wojny światowej Niemcy bałtyccy przesiedlani byli z Estonii do Rzeszy oraz na okupowane przez nią ziemie polskie.

Pamiątkami po Niemcach bałtyckich są dwory i kościoły. Jeszcze przed stu laty na terytorium całego kraju można było doliczyć się 1250 posiadłości szlacheckich. Oprócz dziedzictwa materialnego, Niemcy bałtyccy wywarli duży wpływ na kulturę Estonii. W Tartu urodził się Carl Hermann Hesse, który był ojcem znanego pisarza Hermanna Hesse. Pracował tam również astronom Friedrich Georg Wilhelm Struve, który wyznaczył „południk Struvego” (wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO). W Estonii mieszkał także geograf i podróżnik Adam Johann Ritter von Krusenstern.