W każdym estońskim mieście i w większości wsi znajdują się kościoły. Część z nich została zbudowana do końca XIX wieku, a ich fundatorami byli Niemcy bałtyccy. Ta grupa odpowiedzialna była za chrystianizację i reformację na ziemiach estońskich. W związku z tym większość świątyń służy dzisiaj luteranom.

W okresie XX wieku religia w Estonii znacznie straciła na znaczeniu, co wiązać można z uciskiem niemieckim. Również w okresie okupacji sowieckiej wierzący byli dyskryminowani przez władze, co dopełniło laicyzacji społeczeństwa. Współcześnie w większości kościołów msze odbywają się tylko w niedziele i święta. Świątynie służą również celom kulturalnym – odbywają się w nich koncerty, a w niektórych mieszczą się nawet muzea.

Jednym z takich miejsc jest kościół św. Mikołaja (Niguliste), który jest oddziałem Estońskiego Muzeum Sztuki. Najważniejszym eksponatem w tej świątyni jest znany obraz „Taniec Śmierci” Bernta Notke (stworzony ok. 1470 r.). Niestety w ciągu wieków dzieło uległo zniszczeniu i obecnie można podziwiać tylko część o długości 7,5 metra. Obraz ten jest najcenniejszym dziełem sztuki znajdującym się na terenie Estonii.

Kościoły zachwycają swoją architekturą. Na wybrzeżu oraz na wyspach na zachodzie kraju – Saremie, Muhu, Kihnu i Ruhnu szczególnie warto odwiedzić drewniane kościoły zbudowane przez mieszkających tutaj niegdyś Szwedów.

Kościół katolicki ma w Estonii niewielu wyznawców. Świątynie znajdują się w Tallinie, Tartu, Parnawie i Valdze oraz w miasteczkach Wschodniej Wironii. Posługę pełnią m.in. polscy duchowni, a w wybranych kościołach odprawiane są msze w języku polskim:

  • w Tallinie w katedrze św. Piotra i Pawła w niedziele o godz. 10., w klasztorze dominikanów o godz. 12
  • w Tartu w kościele Niepokalanego Poczęcia NMP w niedziele o godz. 10.30
  • w Ahtme w kościele św. Józefa w tygodniu o godz. 7.30 oraz w soboty o godz. 9.00., w kościele św. Klary w Kiviõli w środy i niedziele o godz. 14.00.

Szczególnie ciekawe i zróżnicowane jest estońskie prawosławie. Jego wyznawcami  są głównie Rosjanie i niewielkie grupy Estończyków, których wiara jest często wynikiem skomplikowanych historii całych grup etnicznych.

Architektonicznym symbolem prawosławia w Estonii jest katedra św. Aleksandra Newskiego na wzgórzu Toompea w Tallinie. Nie przypadkowo świątynia została zbudowana w tym miejscu. Wzgórze jest grobem bohatera ugrofińskiej mitologii – Kaleva, a cerkiew powstała w okresie najintensywniejszej rusyfikacji. W tym czasie również w Warszawie na Placu Piłsudskiego wybudowano świątynię tego samego patrona. W latach 20-tych obydwie budowle miały zostać zburzone. W Polsce plan ten został zrealizowany, podczas gdy w Tallinie katedra pozostała nienaruszona.

Innym ważnym miejscem dla estońskiego prawosławia jest najstarszy żeński klasztor w Kuremäe położony na wschodzie kraju w pobliżu Narwy. Na jego terenie znajdują się świątynie, budynki gospodarcze oraz kilkumetrowe stogi drewna. Spacerując po zespole klasztornym w czasie nabożeństw usłyszeć można piękne śpiewy, które doskonale oddają mistycyzm tego miejsca. W pobliżu płynie strumień, którego woda ma ponoć uzdrawiającą moc. Należy pamiętać, że kobiety odwiedzające to miejsce powinny mieć okryte głowy.

Wybrzeża granicznego Jeziora Pejpus zamieszkują od XVII w. staroobrzędowcy. Ich wsie są typowymi ulicówkami tworzącymi zwartą zabudowę ułożoną równolegle do brzegów jeziora i ciągnącą się kilometrami z północy na południe. W każdej wsi znajduje się dom modlitwy staroobrzędowców – molennaą. Bardzo konserwatywni starowiercy nie używają elektryczności w swoich świątyniach, a źródłem światła są świece wykonane z wosku pszczelego. Aby bliżej poznać ich tradycje i wiarę należy wybrać się do Kasepää, gdzie w dawnej aptece urządzone zostało centrum kultury AmbulARTtoorium. Wstęp do centrum jest bezpłatny, ale wcześniej należy zadzwonić pod numer podany na jego drzwiach. W Kolkja warto zatrzymać się na obiad. Staroobrzędowcy znani z uprawy cebuli (nazywani również „cebulowymi Rosjanami”) serwują tam wyłącznie potrawy, w których skład wchodzi to warzywo.

Jedyna w kraju synagoga znajduje się w Tallinie, przy ul. Karu. Została ona otwarta  wiernym w 2007 roku. Współcześnie społeczność żydowska jest niewielka, ale przed wojną liczyła kilka tysięcy osób i posiadała swoją świątynię w miejscu, na którym stoi obecnie centrum handlowe Viru. Poza stolicą niewielka grupa Żydów zamieszkiwała również Tartu i przygraniczną Valgę.

Społeczność muzułmańska w Estonii jest nieliczna. Muzułmanie nie posiadają meczetu i spotykają się w prywatnym domu modlitw w dzielnicy Kadriorg w Tallinie.

Duże znaczenie mają religieetniczne. Szczególnie wiosną i latem, kiedy przyroda budzi się do życia, odbywają się festiwale, spotkania i ceremonie ofiarne. Niestety tylko część z tych uroczystości jest otwarta dla osób z poza danej grupy. Najważniejszym bogiem tradycyjnych estońskich wierzeń jest Taara (lub Taarapita, Tharapita). Wiara w niego była najsilniejsza na Saremie zamieszkanej przez estońskich wikingów. Podejrzewa się, że ze względu na kontakty pomiędzy ludnością wschodniego i zachodniego wybrzeża Bałtyku, Taara jest odpowiednikiem skandynawskiego Thora. Religie etniczne nie posiadają swoich kościołów, ale w każdej gminie znajdują się święte drzewa lub kamienie. Według ich wyznawców posiadają one mistyczne moce oraz służą za ołtarze do składania ofiar Taarze.

Więcej informacji nt. poszczególnych grup religijnych można uzyskać na ich stronach internetowych: