Siedmiowiekowa dominacja niemiecka przyniosła chrystianizację Estów i późniejszą reformację. Bałtyccy Niemcy zbudowali większość kościołów, które do dziś są elementem krajobrazu Estonii. Do końca XIX wieku kościół pełnił nie tylko rolę religijną, ale również edukacyjną. To reformacja dała początek piśmiennictwu w języku estońskim (pierwsza książka w tym języku została wydana w 1525 roku). W późniejszych wiekach duchowni wnieśli swój wkład w kodyfikację języka i rozwój literatury.

Pod koniec XIX wieku nasilił się proces rusyfikacji. Jednym z jej filarów była popularyzacja prawosławia. Na przełomie XIX i XX wieku, na Wzgórzu Toompea, wzniesiona została dominująca nad całym miastem Katedra Aleksandra Newskiego. Świątynia stanęła w miejscu, gdzie według mitologii estońskiej pochowany został Kalev – ojciec bohatera estońskich sag, Kalevipoega. W tym czasie również w Warszawie wybudowano świątynię im. Aleksandra Newskiego. W latach 20-tych obydwie miały zostać zburzone. W Polsce ten plan zrealizowano, w Tallinie zaś katedra pozostała nienaruszona i dziś jest jednym z jego symboli.

Prawosławni w Estonii podzieleni są między dwie cerkwie – moskiewską i estońską (która z kolei podlega greckiej). Inną grupą wyznającą prawosławie są staroobrzędowcy, nazywani również starowiercami, raskolnikami lub „cebulowymi Rosjanami”. Zachowując dawne wyznanie wiary narazili się oni na prześladowania ze strony najwyższych władz cerkwi prawosławnej. W XVII w. staroobrzędowcy uciekali do Estonii przez Jezioro Pejpus i w większości do dzisiaj zamieszkują wsie rozrzucone wzdłuż jego wybrzeży. W każdej z zamieszkanych przez nich wsi znajdują się drewniane cerkwie (molenny), które oświetlane są jedynie płomieniami świec zrobionych z pszczelego wosku.

Do II wojny światowej Tallin, Tartu i Walgę zamieszkiwały niewielkie społeczności żydowskie. W Tallinie na miejscu dzisiejszego centrum handlowego Kaubamaja stała synagoga, która została zburzona pod koniec lat 40. W 2007 roku otwarto nową, pięknie zaprojektowaną synagogę przy ul. Karu.

Trudne czasy dla wyznawców wszystkich religii przyszły wraz z okupacją radziecką. Działała wtedy silna propaganda antyreligijna. Osoby deklarujące się jako wierzące nie mogły podejmować pracy na wyższych stanowiskach. W efekcie religia w życiu społeczeństwa estońskiego straciła na znaczeniu.

Msze w języku polskim odbywają się w katedrze św. Piotra i Pawła w Tallinie, w każdą niedzielę o godz. 10.00.

Przed rozpoczęciem zwiedzania kościołów warto zapoznać się z zawartością przewodnika „Wayfarers Churches” (w j. angielskim), który opisuje 200 kościołów zlokalizowanych na terenie Estonii. Miłośnicy architektury drewnianej powinni odwiedzić świątynie na wyspie Sarema. Informacji o kościołach można szukać również na stronach internetowych poszczególnych parafii oraz kościołów.