Park narodowy obejmuje płytkie wody Morza Väinameri, Zatoki Matsalu, jej wybrzeże z ujściem rzeki Kassari i prawie 50 znajdujących się w jej obrębie wysp. Zatoka jest długa na 18 i szeroka na 6 kilometrów. Głębokość wody to mniej niż dwa metry. Większą część z ogólnej powierzchni parku wynoszącej 486 km2 zajmują wody Morza Bałtyckiego.

Obszar lądowy tworzą tereny podmokłe porośnięte trzcinowym sitowiem, nadmorskie łąki i półnaturalne pastwiska powstałe w wyniku wypasania bydła i wykaszania. Bardzo cennym terenem jest jedna z największych w Europie łąk aluwialnych znajdująca się w dolinnym biegu rzeki Kassari. Taka kompozycja krajobrazu powoduje, że Matsalu jest niezwykle istotnym przystankiem oraz obszarem gniazdowania ptaków migrujących. Znaczenie parku zostało docenione w Europie i rezerwat został wpisany na listę obszarów podmokłych chronionych Konwencją Ramsarską.

Aluwia stanowią bardzo ważny obszar gniazdowania takich gatunków jak derkacz (Crex crex), bekas dubelt (Gallinago media) oraz kropiatka (Porzana porzana). Nadmorskie łąki zajmujące powierzchnię ok. 3000 hektarów, są ogromnym naturalnym obszarem żerowania dla migrujących tędy ptaków z rzędu siewkowych (Charadriiformes), m.in. bekasów (Scolopacidae), czajek (Vanellinae), kulików (Numenius) oraz rycyków (Limosa). Sitowie, które również zajmuje ok. 3000 hektarów jest domem m.in. wielu gatunków gęsi (Anserini), łabędzi (Cygnus), kaczek (Anatidae), grążyc (Aythya) oraz łysek (Fulica). W trzcinach można usłyszeć również wróblowe (Passeriformes) i czaplowate (Botaurinae).

Wśród gatunków rzadkich są m.in. biegus zmienny (Calidris alpina schinzii), gęś mała (Anser erythropus) oraz dzięcioł białogrzbiety (Dendrocopos leucotos). W parku można zaobserwować bielika zwyczajnego (Haliaeetus albicilla), a z dużych ssaków łosia (Alces alces).

Matsalu oferuje atrakcje również botanikom. Rzadką formacją roślinną występującą w parku są zalesione łąki, których wartość odzwierciedla statystyka – na metrze kwadratowym można doliczyć się nawet 70 gatunków flory. Pod starymi dębami i orzechami występują m.in. rzadkie gatunki storczyków.

Punkt informacyjny Parku Narodowego Matsalu znajduje się w majątku Penijõe w pobliżu miejscowości Lihula. Można tutaj uzyskać szczegółowe informacje na temat zwiedzania parku oraz obejrzeć wystawę prezentującą bogactwo przyrodnicze i historię regionu.