Park Narodowy Lahemaa położony jest na północnym wybrzeżu kraju. Park jest jednym z najbogatszych obszarów chronionych w Europie. Obejmuje on wybrzeża składające się z niewielkich zatok, półwyspów, wysp i ogromne głazy narzutowe przyniesione przez lodowiec aż ze szwedzkiej Gotlandii. W głębi lądu tworzą go lasy, mozaika bagien, jeziora i rzeki, alwar – formacja roślinna występująca na skałach wapiennych. Spotkać tu można łosie i dziki. Bardzo cenne jest również dziedzictwo kulturowe –poszlacheckie dwory, dawne wsie rybackie oraz wieś kapitanów – Käsmu.

Park Narodowy Matsalu w zachodniej Estonii jest ważnym punktem na trasie przelotu ptaków migrujących.. Park położony jest w długiej i płytkiej zatoce, do której wpada rzeka Kasari. Obszar ten w dużej mierze składa się z terenów podmokłych, dlatego wiosną i jesienią stwarza idealne warunki do gniazdowania i żerowania dla około 275 gatunków ptaków. Park jest doskonałym terenem do ich obserwacji.

Park Narodowy Soomaa położony jest w środkowej Estonii. Soomaa znaczy „kraina bagien” – są one tutaj chronione. Ponadto park obejmuje oddalone o 50 km od morza wydmy, lasy, rzeki i jeziora. Najciekawszym okresem jest tutaj wiosna, kiedy park jest podtapiany, a w wielu miejscach jedynym środkiem transportu pozostaje łódź.

Park Narodowy Vilsandi obejmuje zachodnie wybrzeża wyspy Sarema, wyspę Vilsandi oraz 160 innych wysepek. Park chroni foki szare oraz migrujące ptaki wodne. Wysepka Innarahu jest miejscem narodzin fok. Miłośnicy geologii zwrócą tutaj uwagę na wapienne tarasy z licznymi skamieniałościami.

Najmniejszy spośród estońskich parków narodowych – Karula, obejmuje obszar ukształtowany przez wycofujący się lądolód. Znajduje się tam prawie 40 jezior, lasy i tereny podmokłe. Faunę reprezentuje prawie 160 gatunków ptaków.

Inne ważne obszary chronione to Park Krajobrazowy Kõrvemaa obejmujący duże kompleksy leśne i bagna, Rezerwat Przyrody Endla z bagnami i źródłami oraz Rezerwat Przyrody Emajõe-Suursoo obejmujący deltę rzeki Emajõgi wpadającej do Jeziora Pejpus.

Według estońskiego Prawa Ochrony Środowiska każdy człowiek ma prawo do podziwiania przyrody, dzięki czemu w ciągu dnia można podpatrywać naturę poruszając się nawet po terenach prywatnych.