Эстония входит в состав стран с большим количеством зарегистрированных метеоритных кратеров на квадратный километр территории. Самый известный метеоритный кратер в Эстонии называется Каали, на острове Сааремаа. На сегодняшний день он полностью заполнен водой и образует озеро 100 метров диаметром и 16 глубиной.
Еще одно озеро в Эстонии известно своими качествами изменения воды - соленой зимой и пресной летом.
Эстонские озера очень богаты рыбой: щукой, окунем, судаком, лещом, карпом и линем.
В большинстве озер можно купаться и плавать на судах, особенно популярно это на Чудском озере и озере Вырстьяв.
Небольшие озера и окружающие их территории могут находится в частной собственности (по-эстонски "еramaa"). В таком случае, пребывание там возможно только с разрешения владельца.