Самая длинная река Эстонии - Выханду (162 км), на юге Эстонии, после нее по уменьшению следуют реки Пярну, Пылтсама и Педья.
Реки северной части Эстонии, образуя удивительные водопады северного эстонского утеса, впадают в Финский залив. Реки южной части Эстонии, такие как Выханду, Ахья и Пиуса, проложили себе живописные долины, обнажив породы красного песчаника. Центральная часть Эстонии знаменита большим количеством чистых источников.
Самые популярные реки для гребли на каноэ находятся в регионах Соомаа и в южных частях Эстонии.
Самые часто встречаемые типы рыб в эстонских реках: щука, коричневая форель, хариус, окунь, голавль и судак.
Речная система Эстонии имеет большое значение для эстонской природы; так, всего несколько исконных речных русел были изменены человеком.