Зоны, находящиеся в Эстонии под защитой: национальные парки, природные заповедники и охраняемые ландшафтные заповедники.
Национальные парки (Rahvuspark): Национальные парки являются охраняемыми зонами особого назначения для сохранения, защиты, исследования и развития культурного и природного наследия. Самый маленький национальный парк - Карула, занимает площадь в 12,300 га, самый крупный - Лахемаа — 72,504 га.
Природные заповедники (Looduskaitseala): Заповедник — зона, защищаемая ввиду ее природной или научной ценности и обособленная в целях охраны и исследования природных процессов, растений и животных, находящихся под угрозой вымирания. Также защищает экосистемы в целом, объекты неживой природы и ландшафты. Самый маленький заповедник Анне, в Тартуском уезде, занимает 16 га, а самый большой заповедник — Алам-Педья, располагается на территории Тартуского, Вильяндиского и Йыгеваского уездов и занимает 34,219 га.
Ландшафтные заповедники (Maastikukaitseala): Ландшафтный заповедник — зона, охраняемая за крайне редкое или типичное для Эстонии природное или культурное наследие; эти зоны создаются для охраны природы, а также для культурных и региональных целей.
Меры защиты опираются на соответствующие законы и Акт об охране природы. По состоянию на 1 июля 2007 года в Эстонии существует 5 национальных парков, 129 природных заповедника, 149 защищенных ландшафтных зоны и 124 защищаемые зоны с неопределенными правилами защиты (в дополнение к 543 защищаемым паркам и лесам). Самая маленькая зона, находящаяся под защитой, — парк “Roheline turg“ («Зелёный рынок»), площадью всего 0,05 га в Таллине, а самый большой — Национальный парк Лахемаа. Примерная площадь охраняемых зон в Эстонии составляет 759 га.
