Det finns inte många byar utan en kyrka och även mindre städer har ofta flera kyrkor. De flesta kyrkorna i Estland byggdes av balttyskarna och lutheransk protestantism dominerar. Nuförtiden är kyrkor öppna för gudstjänst varje söndag och fungerar ofta som konsertsal för både religiös och icke-religiös musik.

Niguliste-kyrkan i Tallinns gamla stad är ett av de bästa ställena att studera de artistiska aspekterna av lutheransk protestantism. Niguliste-kyrkan fungerar som museum och är känd för ”Dödsdansen”, målad av Bernt Notke (cirka 1470). Genom århundradena har originalmålningen fått stora skador och bara 7,5 meter av den återstår. Det är dock Estlands mest värdefulla konstverk.

Små träkyrkor i skandinavisk stil är vanliga utmed kusten och i synnerhet på öarna. Besök Ösel (Saaremaa), Monö (Muhu), Kynö (Kihnu) eller Runö (Ruhnu) eller ta en tur i norra Estland.

Under tiden Estland lydde under ryske tsaren gjordes försök att popularisera den ortodoxa kyrkan och på den högsta platsen i Tallinns gamla stad, Domberget (Toompea), byggdes Nevsky-katedralen. Den är ett omtyckt besöksmål för turister, med sina gyllene lökkupoler och rikligt utsmyckade interiör.

Nära ryska gränsen, inte långt från Narva, ligger Kuremäe kloster. Det är Estland största kloster och det enda ortodoxa klostret. Klosterområdet är öppet för besökare. Ta gärna en promenad här, se de vackra blomsterrabatterna, beundra de traditionella vedstaplarna som påminner om hyddor och smaka det välsignade, heliga vattnet från Kuremäe-bäcken. Kyrkorna här bör du också besöka. Kvinnliga besökare uppmanas dölja sitt hår med en hatt eller scarf, av respekt.

Det finns även gammaltroende som är en trosinriktning som knoppades av från den ortodoxa kyrkan på 1600-talet. Dessa bor vid Peipus-sjön. Denna djupt troende inriktning tillåter inte elektricitet. Kyrkan i byn Raja har bara vaxljus till belysning vilket är en vacker syn vid gudstjänsterna. Byarna vid Peipus-sjön har utvecklats i den ryska traditionen med bara en gata, så att byarna över tiden växt ihop. Det bästa stället att uppleva de gammaltroendes traditioner är i den omfattande fotoutställningen i Kasepää bys gamla apotek, nu konstcenter under namnet AmbulARTtoorium. Det är gratis inträde och öppet ”på begäran”. Ring telefonnumret på konstcentrets dörr så kommer grannen och öppnar.

Estlands enda synagoga öppnades år 2007 i Tallinn. Synagogan som fanns före andra världskriget revs av kommunisterna i slutet av 1940-talet. Före andra världskriget fanns det judiska församlingar även i Tartu och Valga. Det finns mycket få muslimer i Estland och ingen moské. I stället samlas muslimerna i hemmet hos en muslim i Kadriorg, en stadsdel i Tallinn.

Den enda hedniska kyrkan är en kyrka i traditionell skandinavisk stil som välkomnar alla trosinriktningar, den är belägen på Kynö (Kihnu).

Det finns många utövare av naturreligion och deras festivaler, läger och ceremonier hålls på många olika platser i Estland under sommaren. Utomstående är i allmänhet inte välkomna. Men vissa undantag finns som till exempel i Soomaa (Träsklandet) när stockbåtarna sjösätts och vid andra festligheter. Stockbåtarna är traditionella båtar gjorde av urholkade trädstammar.

En av de mest spridda gudarna i traditionell estnisk tro kallades Taara (förkortat av Taarapita eller Tharapita) och de Taara-troende bodde främst på öarna, inte minst på Ösel (Saaremaa) under vikingarnas inflytande. Det spekuleras i att det kan finnas en koppling mellan Taara och asaguden Tor. Det finns inga Taara-kyrkor i landet men i alla landskap finns uråldriga gravstenar från den tiden. I de flesta områden hittar man också heliga träd eller stenar som tros ha övernaturliga krafter och där man för länge sedan offrat djur och andra gåvor till Taara.

De följande religiösa grupperna har sidor på Internet: