Skyddsområden, inklusive nationalparker, täcker omkring en tiondel av Estlands territorium.
Det finns 5 nationalparker i Estland:
Lahemaa Nationalpark: är landets största park på den norra kusten, 70 km från Tallinn. Det finns permanenta samhällen av björn, varg och lodjur i parken så var beredd med kameran.
Matsalu Nationalpark: är ett naturreservat och nationalpark i västra Estland som bevarar en bred mångfald av fåglar. Det är ett av Europas största och viktigaste rastställen för flyttfåglar om hösten.
Soomaa Nationalpark: är känd för sina forntida våtmarker, och kanot är det bästa sättet att utforska områdets vildmark.
Vilsandi Nationalpark: är belägen i Kihelkonna kommun, Saare län och omfattar ön Vilsandi, plus 160 andra öar och holmar. Det är ett internationellt fågelreservat med över 250 registrerade fågelarter och även gråsälen kommer till Innarhu (en holme) för att föda.
Karula Nationalpark: är den minsta av samtliga nationalparker men kan ändå rymma 38 sjöar. Stora däggdjur som lever i parken är älg, rådjur, vildsvin och lodjur.
För inkvartering i nationalparkerna kan du vanligtvis välja mellan bondgårdar, campingplatser och lyxiga herrgårdshotell.
