De viktigaste skyddsområdena i Estland är: nationalparker, naturskyddsområden och landskapsskyddsområden.
Nationalparker (Rahvuspark): Nationalparker är skyddsområden av speciell nationell betydelse för bevarande, skyddande, utforskande och främjande av medvetenheten om natur- och kulturarvet. Karula är den minsta nationalparken – 12 300 hektar, och den största är Lahemaa – 72 504 hektar.
Naturskyddsområden (Looduskaitseala): Ett naturskyddsområde är ett område skyddat för sin naturs eller sitt vetenskapliga värde, vilket har avsatts för att bevara, skydda och utforska naturprocesser och hotade eller skyddade växter, djur och svamparter och deras naturliga miljöer, så väl som landskap och naturminnesmärken. Det minsta är Anne naturskyddsområde i Tartu kommun – 16 hektar, och det största är Alam-Pedja naturskyddsområde i Jõgeva, Viljandi och Tartu län – 34 219 hektar.
Landskapsskyddsområden (Maastikukaitseala): Ett landskapsskyddsområde är ett område med natur- eller kulturvärde vilket är sällsynt eller typiskt för Estland, som har inrättats för bevarande av naturen samt i kulturella eller fritidssyften.
Skyddsordningen i Estland grundas på skyddsföreskrifter och naturvårdsbestämmelser. Från den 1 juli 2007 finns det fem nationalparker i Estland, 129 naturskyddsområden, 149 landskapsskyddsområden och 124 skyddsområden med oreviderade föreskrifter, (dessutom 543 skyddade park- och skogsarealer.) Den minsta arealen under beskydd är en park i Tallinn, “Roheline turg” (“Gröna torget”), på 0,05 hektar, och den största är Lahemaa Nationalpark. Medelstorleken för ett skyddat område i Estland är 759 hektar.
