Estniska fågelfaunan består av cirka 340 naturliga arter: över 200 är häckande fåglar, runt 30 är flyttfåglar och cirka 70 är tillfälliga besökare. Många fåglar finns på små öar där det är upp till 13 000 häckande par per km2. 

Under hösten och våren är västra Estland en fantastisk skådeplats. Området har många viktiga rastplatser för fåglar under deras flytt och enligt uppskattningar kan det vara upp till 50 miljoner fåglar som passerar området. Gäss, svanar, änder och doppingar är de mest "frekventa resenärerna". År 1999 hade Estland det Europeiska rekordet för flest arter att beskåda under en dag – hela 189 stycken.  

Vårflyttningen börjar vanligtvis vid issmältningen (slutet av mars) och kulminerar i april och maj. Efter den tysta sommaren och börjar höstens migration av gäss och gemensamma tranor i mitten av augusti och avslutas i slutet av september. 

För att underlätta fågelskådning finns flera offentliga fågelskådartorn. Matsalu Bay och Ösel är mest älskad av flyttfåglar. Sammanlagt elva platser i Estland har inkluderats i konventionens lista över internationellt viktiga fågelområden.