Lahemaa Nationalpark på nordkusten ger en bra överblick av det mesta av natur- och kulturarvslandskapen som kännetecknar Estland. Här hittar du steniga och sandiga stränder slingrande mellan halvöarna, måleriska mossar, mycket speciella växtsamhällen på klinten och alvaren, forsar, geologiska, historiska och arkitektoniska monument. Lahemaa är ett av Europas viktigaste skogsskyddsområden med åtskilliga arter av däggdjur som lever i dess unika skogar. De fyra stora herrgårdsanläggningarna i Lahemaa är även de anmärkningsvärda.

Matsalu Nationalpark i västra Estland är en viktig rast- och matplats för flyttfåglar på deras resa mellan Arktis och Västeuropa. En exceptionellt stor mångfald av fågelarter stannar och häckar i både de grunda kustvattnen och i de kustnära ängarna och fälten. Matsalu är verkligen ett riktigt paradis för fågelskådare.

Soomaa Nationalpark i mellersta Estland är rik på mossar och myrar där långsamt strömmande floder slingrar sig fram. Det är ett utmärkt ställe för myrvandringar och kanotfärder. Den mest spännande tiden på året i Soomaa är översvämningsperioden eller den femte årstiden, när lågt belägna skogar, vägar och till och med gårdsplaner översvämmas. Under den årstiden är stora områden i Soomaa endast framkomliga med båt.

Vilsandi NationalparkÖsels västkust väntar på alla som älskar havet, sälar, sanddyner, fåglar och orkidéer. Där finns den största rastplatsen för gråsälar  och många sjöfåglar. Kalkstensavsatser med otaliga fossiler väntar också på att upptäckas.

De små kullarna i  Karula Nationalpark i södra Estland skapades av den ojämnt smältande inlandsisen. Dessa små kullar, täckta av skog, fält och ängar, döljer runt 40 sjöar. Kulturlandskapet lägger till ett påtagligt värde åt Karula. Det är en av de mindre nationalparkerna i Estland och dess invånare utmärker sig på grund av sin starka koppling till marken och naturen.

Bland Estlands skyddsområden är några av de mest kända Kõrvemaa landskapsskyddsområde, där stora skogar växlar med mossar; Endla naturskyddsområde med talrika mossar och bäckar; samt Estlands största deltamyr - Emajõe-Suursoo (Emajõe stora myr) – vid sjön Peipus.

I Estland kan du fritt ströva omkring på privat mark från morgon till kväll, om du vill beundra skyddade naturplatser. Detta gäller under förutsättningen allemansrätten som har införts i naturvårdsbestämmelserna.