Estlands längsta flod är Võhandu (162 km) i södra Estland, den näst längsta är Pärnu-floden och därefter Põltsamaa- och Pedja-floderna.
Floderna i norra Estland flyter ut i finska viken och bildar sevärda vattenfall när de rinner över klintkanten vid havet. Floder i södra Estland, som t.ex. Võhanu-, Ahja- och Piusa-floderna har skapat vackra dalgångar med höga väggar i röd sandsten. Mellersta Estland är berömt för sina många floder från klara källor.
De mest populära floderna att paddla på är de i Soomaa och i södra Estland.
De vanligaste fiskarna i estniska floder är gädda, öring, harr, id, abborre, färna (en karpfisk) och gös.
Estlands naturliga flodsystem kan anses vara en av de mest värdefulla delarna av den estniska naturen – bara ett fåtal av Estlands vattendrag har rätats ut.
