Det tros att Estland har ett av världens största antal dokumenterade meteorkratrar per kvadratkilometer. Den mest berömda kratern är Kaali på Ösel (Saaremaa). Den har numera en kratersjö som är hundra meter i diameter och upp till 16 meter djup (som mest).
En annan intressant sjö är Mullutu Suurlaht – mellan vinter och sommar går den från sötvatten till saltvatten.
Det finns gott om fisk i estniska sjöar; främst gädda, öring, gös, braxen, karp och sutare. De flesta estniska sjöar lämpar sig för bad. Segling på Peipus-sjön och Võrstjärv-sjön växer i popularitet.
Mindre sjöar och skogen som omger dem kan ibland skyltas som privat mark (”Eramaa” på estniska”) och är inte öppna för allmänheten utan tillstånd från ägaren.
