Under 1700-talet blev den en Rysk örlogsbas och ryssarna döpte om den till Балтийский Порт ("Baltiyskiy Port", “Baltiska hamnen”). Det estniska uttalet, Paldiski, blev stadens officiella namn 1933.

1962 blev Paldiski ett utbildningscenter för sovjetiska atomubåtar Med två landbaserade kärnreaktorer och med 16000 personer engagerade, var det den största dylika anläggning i Sovjetunionen. På grund av sin betydelse var hela staden avspärrad med taggtråd ända till det sista örlogsfartyget avseglade Augusti 1994.

Halvön Pakri är även känd för dess spektakulära kalkstensklinter och de familjevänliga stränderna i närheten. Pakrihalvön har Estlands högsta fyr och den är även hem för den sällsynta tobisgrisslan, som ser ut som små pingviner. Den lockar även till sig personer intresserade av natur och fågelskådning. Paldiski ligger precis under 50 km från Tallinn och är lättillgänglig.

Sevärdheter i närheten är Nuckö (Noarootsi) och Neve (Nõva).