全国大多数的教堂由波罗的海德国人修建,直到19世纪,在农村,教堂一直是人们受教育的主要场所,大多数村镇都在中心修建了规模宏大的教堂。

1917年,新教的主导地位被取代,在此之前的数十年间,俄国沙皇千方百计推行俄罗斯东正教。在塔林中心的亚历山大涅夫斯基大教堂金碧辉煌,据说被设在了古城的最高点,显示出当时俄罗斯迫切想要控制爱沙尼亚的愿望。

二十世纪二十年代,政府曾经有拆除亚历山大涅夫斯基大教堂的计划(在波兰也发生过类似的事情),幸运的是最后计划并未实施。

今日爱沙尼亚的东正教团体被分为莫斯科东正教和爱沙尼亚东正教(属于希腊教派)。

佩普西湖岸的居民从17世纪东正教派分裂时被遗弃在那里,居住至今,属于旧礼义派团体。在Raja村有他们的教堂,长年只用蜂蜡照明,这缘于他们不相信电能。

2007年一所新的犹太教堂在塔林落成。第二次世界大战之前曾经有一所犹太教堂就设在现今Kaubamaja购物中心所在地,它于二十世纪四十年代末期被毁。战争之前,在塔尔图和瓦尔加也有犹太人团体。

苏联对爱沙尼亚的占领期间实行了短暂的禁止宗教政策,解禁后想尽办法控制宗教活动,在很多重要的工作岗位,宗教信仰仍是被禁止的。

在塔林的圣灵教堂,每周日都用英语举行礼拜仪式。

如果你想参观爱沙尼亚的教堂,那么准备一本名为“Wayfarers Churches” 的小册子是非常必要的,上面有200多所教堂的简短介绍,并附有详细的参观时间。每个宗教团体都有自己的网页,详细介绍活动计划等相关信息。

爱沙尼亚最好的木制结构教堂在萨列马岛。