Das Ziel des Festivals ist es, die neuen Naturfilme und deren Macher vorzustellen und zu würdigen. Traditionell bilden Naturfoto-Ausstellungen und Workshops einen Teil des Festivals.

Das Festival hat seinen Namen nach dem nächstliegenden Nationalpark Matsalu, einem der größten europäischen Vogelschutzgebiete bekommen.

Die Naturfilme wetteifern in zwei Kategorien:
1. Natur
2. Mensch und Natur