Tartossa toimineet baptistiseurakunnat liittyivät toisen maailmansodan jälkeen ainoaan jäljelle jääneeseen baptistiseen rukoushuoneeseen: Kolgatan seurakuntaan, jonka rukoushuone oli avattu vuonna 1931.
Vuonna 2013 seurakunta muutti tilanpuutteen vuoksi vanhasta Karlovan kaupunginosassa sijainneesta rukoushuoneesta keskustan rajalla sijaitsevaan moderniin vuonna 1995 valmistuneeseen kirkkoon. Avajaisjumalanpalvelus uudessa Veski-kadun rakennuksessa pidettiin 10.11.2013 yhdessä Kolgatan seurakunnan 112-vuotispäivän juhlinnan kanssa.
Seurakunta kuuluu Viron evankeliskristittyjen ja baptistiseurakuntien liittoon. Vironkielisiä jumalanpalveluksia järjestään sunnuntaisin kello 11, venäjänkielisiä kello 13.