Šis trīsjomu neogotikas stilā celtais dievnams vecpilsētas sirdī, Vabaduse laukumā, tika uzbūvēts 1867. gadā. Stilizētais altāra iekārtojums ar gleznu "Kristus pie krusta" (Karls Gotliebs Venigs, krāsām piesātinātie vitrāžu logi) un kroņlukturi, kas ir vecāki par pašu ēku, piešķir baznīcai mirdzumu. Baznīcas tornī atrodas ar vecākais baznīcas zvans ar ierakstu igauņu valodā (1872).
Tallinas Jāņa baznīcā var apbrīnot desmit vitrāžu logus, kuru autors ir māksliniece Doloresa Hofmane. Vitrāžas stāsta dažādus stāstus no Jāņa evaņģēlija. Evaņģēlistu Jāņa un Lūka vitrāžas tumšajā laikā ir izgaismotas.