Matsalu nationalpark (48 610 hektar) skapades för att skydda häckande och fjällande fåglar och fåglar på genomresa. 1976 upptogs Matsalu på Ramsarkonventionens lista. Nationalparken omfattar Matsaluviken, Kasariflodens nedre lopp, bäddar av strandvass, Kasariflodens översvämmande strandäng, strandbeten, lövängar och runt 50 havsöar. I Matsalu finns ett flertal natursstigar och 7 fågelskådartorn.

Nationalparkens besökscentrum ligger i Lihula, i den renoverade herrgården Penijõe. I naturcentret finns en utställning och klassrum för naturvetenskapliga aktiviteter.