Die Lutherische Maarja-Kirche in Otepää ist einer der 21 sehenswerten Orte in Süd-Estland, die mit dem gelben Fenster des National Geographic gekennzeichnet ist und dessen Besuch den Interessenten an Kultur und Geschichte empfohlen wird.

Die Lutherische Maarja-Kirche ist historisch mit der Geschichte der estnischen Nationalflagge verbunden. Im Pastoratsgebäude der Kirche  wurde am 4. Juni 1884 die blau-schwarz-weiße Flagge des estnischen Studentenvereins geweiht, die später zur Nationalflagge und im Jahre 1991 die estnische Staatsflagge wurde.

Die Kirche ist im neugotischen Stil erbaut, das Altargemälde "Jesus Christus am Kreuz" stammt vom Jahr 1880, Kesslers Orgel aus dem Jahr 1853.

Im Sommer kann man die Kirche frei besichtigen.