Matsalun kansallispuiston alueelle jää Matsalun lahti ja Kasarin joen suisto, jota ympäröi tulva-alue luhtineen, rantaniittyineen, ruoikkoineen ja metsineen. Matsalun lahti on matala, vesi suolaista sekä ravinteikasta. Matsalun lahteen rajoittuvassa Väinameressä on yli 40 saarta, jotka ovat myöskin osa kansallispuistoa. Matsalun lahti on 18 km pitkä ja 6 km leveä, mutta ainoastaan 1,5 metriä syvä.

Matsalun kansallispuisto on yksi suurimpia ja olennaisimpia muuttolintujen syyspysähdyspaikkoja Euroopas sekä täydellinen lintubongaajien paratiisi. Matsalussa on havaittu 275 erilaista lintulajia. Niiden joukossa 175 lajilla on täällä pesintäalueet ja 33 lajia on muuttovesilinnut veelinnud. Tulvatasangoilla voi nähdä tuhansia sorsia ja hanhia ja metsänreunassa olevat luhdat ovat täynnä hanhia. Lahti itse kuhisee joutsenia, nokikanoja ja sorsia.

Matsalusta löytyy 49 kalalajia, 47 erilaista nisäkästä sekä jopa 772 erilaista korkeata kasvia.

Matsalun kansallispuiston ainutlaatuiseen maisemaan pääsee tutustumaan kävellen, polkupyörällä, ja veneellä pitkin Matsalun lahtea.

Lintubongaajia varten on rakennettu useita näköalatorneja, joista suosituimpia ovat Haeska, Keemu ja Kloostri.

Kuuntele Matsalun kansallispuiston ääniä: