Vain aniharvassa kylässä ei ole kirkkoa ja useimmissa kaupungeissa niitä on montakin. Baltiansaksalaiset ovat rakentaneet suurimman osan kirkoista ja luterilaisuus on täällä vallitseva uskonto. Nykyisin kirkoissa pidetään jumalanpalveluksia sunnuntaisin ja usein niissä järjestetään konsertteja, sekä uskonnollisia että maallisia.

Nigulisten kirkko Tallinnan Vanhassakaupungissa on paikka, jossa luterilaisen historian taiteellisista aspekteista kiinnostuneiden ehdottomasti on käytävä. Nigulisten kirkko toimii museona ja tunnetaan parhaiten Bernt Notken maalauksesta „Kuolemantanssi“ (n . 1470). Alkuperäinen maalaus on vuosisatojen aikana suuressa määrin vahingoittunut ja se on säilynyt vain 7.5 metrin mittaisena. Se on arvokkain Virossa oleva taideteos.

Pienet skandinavialaistyyliset puukirkot ovat tavallisia rannikkolinjalla ja saarilla – käy Saarenmaan, Muhun, Kihnun tai Ruhnun saarilla tai tee Pohjois-Viron kiertomatka.

Tsaarin Venäjä yritti juurruttaa ortodoksista uskontoa ja rakennutti Nevskin Katedraalin Tallinnan Vanhankaupungin korkeimpaan kohtaan Toompealle. Kirkko kullanvärisine kattokupoleineen ja tummine, loistokkaine sisutuksineen on suosittu turistinähtävyys.

Venäjän rajalla Narvan lähellä Itä-Virossa on Kuremäen luostari. Se on Viron suurin luostari ja ainoa venäjänortodoksinen. Luostari on avoinna vierailijoille: kävele kauniissa kukkapuutarhoissa, ihaile perinteisiä „hattutyylisiä“ halkokasoja, maista siunattua „parantavaa“ vettä Kuremäen virrasta ja vieraile luostarin kirkoissa. Jos olet nainen, muistathan kattaa hiuksesi huivilla tai hatulla, sillä vapaana liehuvia hiuksia pidetään epäkunnioittavana.

Peipsi-järven vieressä asuu 1600-luvulla Venäjältä „modernia“ venäjänortodoksista kirkkoa paenneiden vanhauskovaisten yhteisö. Koska tässä rankan uskovaisessa yhteisössä ei sallita sähköä, Rajan kirkkoa valaistaan vain mehiläisvahakynttilöillä: kaunis näky jumalanpalvelusten aikana. Peipsi-järven kylät ovat kasvaneet ja kehittyneet noudatten venäläistä yhden kyläraitin perinnettä – ja niinpä koko Peipsi-järven ranta on yhtä suurta raittia, joka orgaanisesti liittää kylät toisiinsa. Paras tapa saada tuntumaa vanhauskoisten perinteisiin on käydä katsomassa Kasepään kylän vanhassa apteekissa olevaa laajaa valokuvanäyttelyä. Apteekissa toimii nykyisin kulttuurikeskus nimeltä AmbulARTtoorium. Sinne ei ole pääsymaksua ja se on avoinna „tilauksesta“: sisään päästää naapuri, jos soitat ovessa olevaan puhelinnumeroon.

Viron ainoa synagoga avattiin Tallinnassa vuonna 2007. Enen sotaa olemassa ollut synagoga purettiin 1940-luvun loppupuolella. Ennen toista maailmansotaa juutalaisia seurakuntia oli myös Tartossa ja Valgassa.

Viron muslimiyhteisö on pieni eikä Virossa ole moskeijaa. Muslimit kokoontuvat kuitenkin säännöllisesti Kadriorgissa sijaitsevassa yksityiskodissa.

Viron ainoa pakanakirkko on episkopaalinen kirkko, johon kaikki uskonnot ovat tervetulleita. Se edustaa perinteistä skandinaavista arkkitehtuuria ja sijaitsee Kihnun saarella.

Pakana- ja maauskoisilla on Virossa voimakas yhteisö ja heidän festivaalejaan, leirejään, ja palvelusmenojaan järjestetään kesäisin joka puolella Viroa. Ulkopuolisen on kuitenkin vaikea päästä osallistumaan rituaaleihin. Joitakin tilaisuuksia järjestetään avoimina Soomaan suoalueella, jonne pääsee haapioruuhella. Haapioruuhi on perinteinen yhdestä haapatukista veistetty vene.

Eräs perinteisimmistä virolaisista uskonnoista oli nimeltään taara (lyhenne sanasta „tarapita“ tai „tharapita“). Koska taarauskonto oli voimakkaimmillaan saarilla, erityisesti viikinkien asuttamalla Saarenmaalla, Taaralla saattaa olla yhteys viikinkijumala Thoriin. Taarakirkkoja ei ole, mutta jokaisessa maakunnassa on muinaisia uhripuita tai -kiviä, joilla uskotaan olevan maagista voimaa ja joiden luona annettiin eläinuhreja ja lahjoja Taaralle .

Seuraavilla uskonnollisilla ryhmittymillä on nettisaitti: