Balttian saksalaiset ovat rakentaneet suurimman osan maan kirkoista. Aina 1800-luvulle asti kirkko oli ainoa opetuslaitos maaseudulla ja vain harvan kylän keskellä ei ole arkitehtoonisesti vaikuttavaa kirkkoa.

Venäläiset tsaristit tekivät ennen valtansa kumoutumista vuonna 1917 suuria ponnistuksia lisätäkseen venäjänortodoksisen kirkon suosiota. Vaikuttavan Nevskin katedraalin rakennus kirjaimellisesti Tallinnan katolla näyttää, että he halusivat dominoida koko Viroa. 1920-luvulla oli suunnitelmia Nevskin katedraalin purkamisesta (jotain samantapaista oli tehty Puolassa), mutta onneksi suunnitelmia ei koskaan toteutettu. Ortodoksit ovat tänäpäivänä jakautuneet Moskovan ja Viron ortodoksikirkkoihin, joista viimeksimainittu on kreikkalaiskatolinen.

Vanhauskoisten yhteisöt Peipsi-järven äärellä periytyvät Venäjän ortodoksikirkon hajoamisesta 1600-luvulla. Heidät karkoitettiin kirkosta ja he ovat siitä saakka asuneet Virossa. Kannataa käydä heidän kirkossaan Rajan kylässä. Kirkkoa valaistaan ainoastaan mehiläisvahakynttilöillä, koska he eivät usko sähkön käyttöön.

Vuonna 2007 Tallinnassa avattiin uusi synagoga. Ennen toista maailmansotaa oli synagoga samassa paikassa, jossa nyt on tavaratalo Kaubamaja.  Se purettiin 1940-luvun loppupuolella. Ennen sotaa juutalaisyhteisöja oli myös Tartossa ja Valgassa.

Lukuunottamatta täyskieltoa neuvostoviranomaiset tekivät miehityksen aikana kaikkensa ehkäistäkseen uskonnollista toimintaa. Avoimesti uskovaiset oli suljettu useimmista esimiestehtävistä työpaikoilla.

Matkailijoita palvelee luterilainen Pyhän Hengen kirkko Tallinnassa , jossa pidetään joka sunnuntai englanninkielisiä jumalanpalveluksia.