Еврейский музей Эстонии посвящен истории эстонских евреев начиная с возникновения еврейских общих в первой половине XIX века и до наших дней. В музее есть постоянно действующая экспозиция, библиотека и читальный зал, оцифрованный архив на сайте музея и большой архив, в котором хранятся оригиналы документов и фотографий. Музей находится на третьем этаже Центра еврейской общины Эстонии, рядом с Таллиннской синагогой и Таллиннской еврейской школой.
По государственным праздникам и праздникам еврейского календаря музей закрыт. Посещение музея вне его часов работы возможно по предварительной договоренности.