Deutschbalten haben die meisten Kirchen des Landes gebaut. Bis zum 19. Jahrhundert war die Kirche die einzige Quelle für Bildung der ländlichen Bevölkerung. Trotzdem gibt es einige Dörfer ohne eine beeindruckende Kirche in der Mitte.

In den Jahrzehnten bevor der Zar  Nikolaus II. 1917 gestürzt wurde, gab es große Anstrengungen der zaristischen Russen, die Russisch-Orthodoxe Kirche zu popularisieren. Durch den Bau der beeindruckenden Newski-Kathedrale  in Tallinn, wollten sie ein sichtbares Zeichen ihrer Dominanz gegenüber Estland setzen.

Es gab Pläne in den 1920ern Jahren die Newski-Kathedrale abzureißen (etwas Ähnliches ist in Polen passiert). Glücklicherweise wurde das Vorhaben nie durchgeführt.

In Estland gibt es zwei orthodoxe Kirchen: die Orthodoxe Kirche von Estland, die seit 1996 unter der dem Einfluss des Patriarchats von Konstantinopel steht, und die Estnische Orthodoxe Kirche des Moskauer Patriarchats.

Die Gemeinden der Altgläubigen, die neben Peipsi-See lebt, stammt aus der Spaltung der russisch-orthodoxen Kirche im 17. Jahrhundert. Sie wurden verbannt und leben seither in Estland. Ein Besuch ihrer Kirche von Raja lohnt sich, da sie nur durch Kerzen erleuchtet wird. Die Altgläubigen verzichten bewusst auf Elektrizität.

Am 16. Mai 2007 wurde in Anwesenheit des estnischen Staatspräsidenten Arnold Rüütel feierlich die moderne Synagoge von Tallinn eingeweiht. Vor dem 2. Weltkrieg lag die Synagoge dort, wo jetzt das Warenhaus Kaubamaja liegt. Gegen Ende der 1940er Jahre wurde die Synagoge niedergerissen. Vor dem Krieg existierten auch jüdische Gemeinschaften in Tartu und Valga.

Die UdSSR verordnete während der Besetzung Estlands einen staatlichen Atheismus. Verhaftungen und Deportationen von Gemeindemitgliedern waren an der Tagesordnung. Bekennende Gläubige verloren in dieser Zeit ihren Job.

Gottesdienste werden auf Englisch jeden Sonntag in der lutherischen Kirche des Heiligen Geistes in Tallinn gehalten.

Die Broschüre "Offene Kirchen" vermittelt den besten Eindruck über die Vielfalt der Kirchen in Estland. Sie beinhaltet Wissenswertes über 200 Gotteshäuser des baltischen Staates.

Alle wichtigsten religiösen Gruppen verfügen über eine Website mit weiteren Informationen über ihre Arbeit.

Die besten Orte, um alte hölzerne Kirchen zu sehen, liegen auf der Insel Saaremaa.